Attualmente UMCC ha 2 sezioni principali, lieviti e batteri, e comprende circa 2700 ceppi di cui 1600 lieviti e 1100 batteri (batteri lattici ed acetici) isolati da diverse matrici alimentari, convenzionali e non, quali mosto e vini di diversa provenienza, birra, aceto balsamico, aceti orientali, salsa di soia, kombucha (bevanda a base di tè fermentato), paste acide, formaggi, miele e salumi. Inoltre sono presenti diversi ceppi di riferimento e “ceppi tipo” provenienti da altre collezioni per lo più internazionali. Tutte le colture in collezione sono mantenute con tecniche idonee a garantirne la conservazione e la stabilità genetica a lungo termine. La viabilità e alcune caratteristiche chiave dei microrganismi sono periodicamente controllate per constatarne la corrispondenza con le colture originali depositate. I ceppi in collezione sono caratterizzati mediante un approccio polifasico e le informazioni sia di tipo descrittivo dei microrganismi, che di tipo organizzativo (stoccaggio e periodica rivitalizzazione dei ceppi) sono accuratamente gestite e monitorate mediante database BioloMICS (BioAware).
I laboratori dedicati alla UMCC dispongono di apparecchi per lo stoccaggio delle colture microbiche, di strumentazioni per la microbiologia, la biologia molecolare, attrezzature analitiche e fermentatori.
